"იუნაიტედმა" პრემიერლიგა 2000 და 2001 წლებშიც მოიგო, მაგრამ ეს სეზონები, შეიძლება ითქვას, მაინც არ იყო წარმატებული, რადგანაც გუნდმა ევროპულ სარბიელზე ბევრს ვერაფერს მიაღწია და ორივეჯერ ჩემპიონთა ლიგის მეოთხედფინალს ვერ გასცდა.
2000 წელს დაარსდა წამყვანი ევროპული გუნდების ასოციაცია G-14 და "მანჩესტერი" მისი ერთ-ერთი დამფუძნებელი იყო.
ფერგიმ გადაწყვიტა "იუნაიტედი" ცოტა უფრო დაცვით სისტემაზე გადაეყვანა, რათა გუნდი ევროპულ სარბიელზე უფრო წარმატებით ათამაშებულიყო და ზოგადად ძნელი დასამარცხებელი ყოფილიყო, თუმცა გუნდმა მაინც ვერ მიაღწია წარმატებას და პრემიერლიგაშიც დათმო პოზიციები: 2001-02 წლების სეზონში გუნდი III ადგილზე გავიდა.
"იუნაიტედმა" ინგლისის ჩემპიონის ტიტული მომდევნო სეზონშივე დაიბრუნა და 2003-04 წლების სეზონშიც კარგად დაიწყო, მაგრამ წამყვანმა მცველმა რიო ფერდინანდმა დოპინგ-ტესტის გაცდენის (და არა ტესტზე ჩავარდნის) გამო 8 თვიანი დისკვალიფიკაცია მიიღო. მისმა დისკვალიფიკაციამ ბევრი ეჭვი გააჩინა და ბევრი კითხვის ნიშანი დატოვა, მითუმეტეს, რომ ფერდინანდს დოპინგი სისხლში ვერ აღმოუჩინეს. დისკვალიფიკაცია ძალაში შევიდა 2004 წლის 12 იანვარს. გუნდმა წამყვანი მცველის გარეშე ძალიან სუსტად იასპარეზა პრემიელიგაშიც და ჩემპიონთა ლიგაშიც, თუმცა მოიგო ასოციაციის თასი. ფინალამდე მათ იმ სეზონში პრემიერლიგის მომგები "არსენალი" ჩამოიცილეს, ფინალში კი დაბალლიგელ, ცნობილი ფეხბურთელის დენის უაიზის გაწვრთნილ "მილუოლს" სძლიეს.
2004-05 წლების სეზონი გამორჩეული იყო იმით, რომ "მანჩესტერმა" ყველა ტურნირზე ძალიან ცოტა გოლი გაიტანა და პრემიერლიგაში საბოლოოდ III ადგილზე გავიდა. ასოციაციის თასის ფინალში კი "არსენალთან" დამარცხდა პენალტების სერიაში, ძირითადი და დამატებითი დროის უგოლოდ დასრულების შემდეგ.
დაბალი შედეგიანობა ჰოლანდიელ თავდამსხმელ რუუდ ვან ნისტელროის ტრავმასთან იყო დაკავშირებული.
საბოლოოდ ის სეზონი "მანჩესტერმა" უტიტულოდ დაასრულა.
ყველაზე საინტერესო რაც ზემოთ ხსენებულ სეზონში მოხდა იყო ის, რომ ამერიკელმა ბიზნესმენმა მალკოლმ გლეიზერმა გამოთქვა სურვილი და მზადყოფნა კლუბის აქციების საკონტროლო პაკეტის შეძენისა. ამ ამბავმა დიდი მითქმა-მოთქმა და ვნებათაღელვა გამოიწვია.
"იუნაიტედმა" 2005-06 წლების სეზონი სუსტად დაიწყო. 2005 წლის დეკემბერში კაპიტანი როი კინი გუნდიდან წავიდა მას შემდეგ, რაც საჯაროდ გააკრიტიკა რამდენიმე თანაგუნდელი. გუნდმა, პირველად ათწლეულის მანძილზე, ვერ მოახერხა ჩემპიონთა ლიგის ჯგუფური ეტაპის გადალახვა, დამარცხდა რა გადამწყვეტ მატჩში ლისაბონის "ბენფიკასთან". მეტიც, "იუნაიტედმა" ჯგუფში ბოლო ადგილი დაიკავა.
ამ სეზონში "მანჩესტერის" ოთხმა ფეხბურთელმა მძიმე და გრძელვადიანი ტრავმები მიიღო: გაბრიელ ჰაინცემ, ალან სმიტმა, რაიან გიგზმა და პოლ სქოულზმა. მაგრამ "იუნაიტედმა" მაინც შეძლო და სეზონი ტიტულით დაასრულა, მოიგო რა ლიგის თასი, დაამარცხა ფინალში პრემიერლიგაში ახლადაღზევებული "უიგანი" ანგარიშით 4-0.
პრემიერლიგაში ფერგის გუნდმა II ადგილი და ჩემპიონთა ლიგის ჯგუფურ ეტაპზე ავტომატური მოხვედრა გაინაღდა. ყველაფერი კი ბოლო დღეს გადაწყდა, როდესაც "იუნაიტედმა" "ჩარლტონ ატლეტიკს" სძლია 4-0.
ამ სეზონში გუნდს რომ ლიგის თასიც არ მოეგო, იქნებოდა პირველი შემთხვევა 1989 წლიდან მოყოლებული, როდესაც გუნდი ზედიზედ 2 სეზონის მანძილზე ხელცარიელი დარჩა.
სეზონის ბოლოს გუნდის წამყვანი თავდამსხმელი რუუდ ვან ნისტელროი მადრიდის "რეალში" გადავიდა სერ ალექს ფერგიუსონთან უთანხმოების გამო.
ზაფხულში ფერგიმ ერთადერთი ტრანსფერი განახორციელა: "ტოტენჰემიდან" ნახევარმცველი მაიკლ კარიკი გადმოვიდა 18 მილიონ გირვანქად. მას 16–ნომრიანი მაისური უბოძეს, რომელიც ადრე როი კინს ეკუთვნოდა. კარიკმა გაამართლა იმედები.
"მანჩესტერი" ისეთივე შემტევ სტილში ათამაშდა, როგორც მას სჩვევია და როგორც 90-იანი წლების ბოლოს საკუთარ, და არა მარტო საკუთარ, გულშემატკივარს უხარებდა თვალს.
2007 წლის იანვარში "მანჩესტერმა" ორთვიანი იჯარით შვედი თავდამსხმელი ჰენრიკ ლარსონი ინათხოვრა შვედური "ჰელსინგბორგიდან". ლარსონი ძალიან წაადგა გუნდს და 2007 წლის აპრილისათვის "იუნაიტედი" ჩემპიონთა ლიგის ნახევარფინალსა და ასოციაციის თასის ფინალში იყო გასული, ხოლო პრემიერლიგაში კი 32 ტურის შემდეგ პირველი იყო და მეორეადგილოსან "ჩელსიზე" 20 გოლით მეტი ჰქონდა გატანილი.